庞贝病和 MPSI 测序及变异分类

综合实验室服务部 (DCLS) 已经制定了一套广泛的审查流程来评估变异的临床意义。该过程从收集有关变体的所有可用信息开始。DCLS 的变异解释团队使用源自美国医学遗传学和基因组学学会 (ACMG) [ 1 ] 发布的建议的标准和规则来审查和解释该信息。

ACMG 指南定义了28标准，以及组合这些标准以满足以下五个临床意义分类之一的规则：

这些标准考虑了变异的某些特征，这些特征表明了其在人体内的影响及其在疾病中的作用，以及科学界的普遍共识。DCLS 使用适用于所关注的疾病的最明确的标准。

变体的分类可以改变吗？

每天都会发现有关致病变异的新信息，因此，变异的解释和分类过程是一项持续的任务。DCLS 采用每周搜索这些新信息的方法，一旦确定，就确定其临床意义。DCLS 将通过发布修改后的报告来监控和报告任何具有临床意义的分类变化。当有新的具有临床意义的信息可用时，可能会发生三种类型的变异分类修正：

  • 良性修正是对变体分类的任何改变，以维持或加强对良性意义的解释。这些是长期监测变异分类所导致的最常见的变化类型。
  • 致病性修正是对变体分类的任何改变，以维持或加强对致病意义的解释。
  • 分类逆转是指对变体分类的任何改变，与先前报告的分类相反。由于满足更确定的分类所需的证据级别和质量，分类逆转的情况很少见。
变体的分类有多准确？

变异体的报告分类反映了新生儿筛查计划在发现变异体时所掌握的所有信息的一致性。通过对信息的评估来确定分类的过程要求有多个一致的证据。随着证据的增加，我们对变异体临床意义的信心也在增加，变异体的分类也从未知变为可能，直到科学家们得出良性或致病的明确分类。如果正确遵循，专业指南报告的90% 可能性与"likely" 分类相关 [1,2]。

参考：

  1. 理查兹 S、阿齐兹 N、贝尔 S 等。序列变异解释的标准和指南：美国医学遗传学和基因组学学院和分子病理学协会的联合共识建议。基因医学2015 ； 17 ( 5 ): 405 ‐ 424 。土井： 10 。 1038 /gim。 2015 。 30
  2. Harrison, SM 和 Rehm, HL ( 2019 )。“可能致病”的可能性真的有90 % 吗？ClinVar 中的重新分类数据。基因组医学， 11 （ 1 ）， 72 。土井： 10 。 1186 /秒13073 - 019 - 0688 - 9
我的宝宝接受了测序，但没有发现变异/突变。这意味着什么？

溶酶体贮积症的测序过程可以识别出所筛查疾病的致病基因内的罕见变异。DCLS 将罕见变异定义为在人口中出现的概率不到5 % 的变异。当报告“未发现变异”的结果时，这意味着在相关致病基因中未发现任何致病或良性的罕见变异。在筛查范围内，我们可以说没有发现筛查疾病的已知指标。

新生儿筛查的目的是识别出结果显示患病风险较高的婴儿。通过增加第二层测序，可以更仔细地观察一组高风险婴儿，筛选出那些没有已知疾病遗传特征的婴儿，从而提高筛查的特异性。

意义不确定 "分类的含义是什么？
对于变异在疾病中的作用，如果目前缺乏足够或相互矛盾的信息，则将采用意义不明确的分类。随着有关该变异的更多信息被发现（通常是研究和患者结果的结果），实验室能够提供更具信息量的分类。这种变异在以后可能会或可能不会被确定具有临床意义，因此新生儿筛查计划检测到的所有具有意义不确定变异的婴儿都会被转介给遗传专家进行评估。
什么是修正报告？

当实验室测试结果发生变化时，筛查实验室会出具修改报告。具体来说，对于变体分析结果，修正报告会告知您由于更新的科学数据而导致的变体分类变化。
遗传疾病研究界正在不断发现有关致病变异的新信息。因此，变体的解释和分类是一个不断发展的过程。当 DCLS 对某个变体进行分类时，会根据当时 DCLS 可获得的所有科学和医学信息的共识进行分类。随着新信息的发现和评估，可能会导致具有临床意义的分类变化。下表重点介绍了三种类型的修订以及可能的分类变化：

弗吉尼亚州新生儿筛查计划致力于确保 DCLS 筛查的新生儿疾病变异分类最准确。因此，我们将向原始提交者和护理提供者发出修改后的报告，以记录变体分类的任何变化。

修正可能会改变对先前结果的整体解释。护理人员应根据报告的患者所有变异数据进行累积评估。